由于微生物种类繁多，每种微生物对于不同的污染物都有其独特的降解能力，因此根据污染的类型选择最适合的微生物进行处理，提高了处理效率。
微生物环保技术是种自然过程，不产生次污染，且微生物自我繁殖，具有良好的可持续性。
相对于传统的物理化学处理方法，微生物环保技术的运行成本较低。
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